Keberadaan bangunan bersejarah yang pada masa pemerintahan Hindia Belanda sekitar tahun 1900 digunakan sebagai Laboratorium Voor Agrogeologie en Grond Onderzoek atau Laboratorium Penelitian Agrogeologi dan Tanah. Bangunan tersebut kemudian menjadi lokasi Museum Tanah yang berdiri pada 29 September 1988.
Dalam perkembangannya, Museum Tanah sempat ditutup selama beberapa tahun. Kementerian Pertanian kemudian melakukan renovasi terhadap bangunan tersebut dan membuka kembali Museum Tanah pada 5 Desember 2017 bertepatan dengan Hari Tanah Sedunia, diresmikan oleh Dr. Ir, H. Andi Amran Sulaiman, M.P. selaku Menteri Pertanian saat itu.
Pengembangan museum berlanjut dengan deklarasi pendirian Museum Pertanian pada 17 April 2018 yang digagas oleh Prof. Dr. Sjarifuddin Baharsjah, M.Sc., Menteri Pertanian periode 1993–1998, bersama sejumlah tokoh pertanian Indonesia. Gagasan tersebut kemudian direalisasikan melalui pembangunan Museum Pertanian di lokasi yang sama dan diresmikan pada 22 April 2019.
Secara kelembagaan, Museum Tanah dan Pertanian ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Pertanian melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 47 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Tanah dan Pertanian. Peraturan tersebut ditetapkan pada 18 Oktober 2019 dan menjadi landasan kelembagaan Museum Tanah dan Pertanian.
Selanjutnya, pada 3 Maret 2020, Museum Tanah dan Museum Pertanian digabung menjadi satu kesatuan dengan nama Museum Tanah dan Pertanian (MUSTANI). Pada tahun yang sama, diperbarui melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 48 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Tanah dan Pertanian, yang mulai berlaku pada 30 Desember 2020 dan mencabut Permentan Nomor 47 Tahun 2019.
Pengaturan kelembagaan kemudian kembali diperbarui melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 16 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Tanah dan Pertanian, yang berlaku sejak 30 Januari 2023. Peraturan ini mengatur tugas MUSTANI dalam pengelolaan koleksi, pencatatan, pemeliharaan, pengamanan, layanan edukasi, pengembangan dan pemanfaatan koleksi, serta kemitraan dan promosi museum.
Sejalan dengan penataan kelembagaan Kementerian Pertanian, saat ini kedudukan MUSTANI diatur melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 11 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pertanian. Peraturan ini berlaku sejak 8 April 2025 dan mencabut Permentan Nomor 16 Tahun 2023. Berdasarkan regulasi tersebut, MUSTANI merupakan UPT Badan PPSDMP yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan PPSDMP, dengan tugas melaksanakan pengelolaan Museum Tanah dan Pertanian.
Dengan perjalanan tersebut, Museum Tanah dan Pertanian memiliki sejarah yang berkembang dari pusat penelitian tanah pada awal abad ke-20, menjadi Museum Tanah, berkembang melalui pendirian Museum Pertanian, hingga menjadi UPT Kementerian Pertanian yang berperan dalam pelestarian, pengelolaan, edukasi, dan penyebarluasan pengetahuan mengenai tanah dan pertanian Indonesia.
Sumber: