Museum Tanah dan Pertanian (Mustani) terletak di kota Bogor, menempati lokasi yang strategis, selain di pusat kota juga berdekatan dengan Istana Bogor dan Kebun Raya Bogor tepatnya di Jl. Juanda No 98. Lokasi Museum Tanah dan Pertanian ini pun berkaitan dengan sejarah Kota Bogor yang sejak zaman kolonial sudah menjadi kota penelitian botani dan pertanian bahkan sebagai kota perintis kelembagaan pertanian di Indonesia.

Perkembangan Kota Bogor tidak lepas dari pembangunan istana peristirahatan “Buitenzorg” pada tahun 1744 atas prakarsa Gubernur Jenderal Baron van Imhoff. Pada waktu itu, Bogor direncanakan sebagai daerah pertanian dan tempat peristirahatan bagi gubernur jenderal. Pada periode 1745-1808, Buitenzorg (Bogor) menjadi pusat pemerintahan Hindia Belanda sehingga para gubernur jenderal tak lagi menempati istana di Batavia (Jakarta). Mereka memilih menjalankan roda pemerintahan kolonial di Buitenzorg dan bertempat tinggal di Palais van Buitenzorg (Istana Bogor).

Pada periode 1880 hingga 1900-an, Melchior Treub berhasil membangun legitimasi ilmiah kebun raya dengan fasilitas laboratorium, herbarium, pusat data dan perpustakaan yang lengkap dan nyaman. Ilmuwan dan botanis Belanda melakukan riset ke Buitenzorg. Perlahan kebun raya menjadi pusat para botani dunia. Inilah yang menjadikan Buitenzorg identik dengan kota botani.

Dekade pertama abad ke-20 menjadi titik tolak reformasi dalam kebijakan di Hindia Belanda yaitu dengan diterapkannya politik etis yang mendorong perubahan diberbagai bidang untuk kemajuan penduduk koloni, khususnya kesejahteraan bumiputera. Pertanian menjadi salah satu bidang yang mendapat perhatian, salah satunya dengan pendidikan bidang pertanian. Selanjutnya, Bogor menjadi tempat berdirinya lembaga yang mengurusi bidang pertanian resmi yang disebut Departement van Landbouw. Sosok Melchior Treub yang tersohor seantero Hindia Belanda menjadi pelopor berdirinya Kementerian Pertanian, dan kira-kira dua dekade menjabat sebagai direktur Kebun Raya Bogor (Buitenzorg) kemudian menjadi direktur perdana Departement van Landbouw.

Banyak gedung dan bangunan yang didirikan sebagai fasilitas yang menunjang penelitian pertanian kala itu. Salah satunya adalah Laboratoria voor Inlandschen Landbouw en voor Bodemonderzoekingen (Laboratorium untuk Pertanian Rakyat Pribumi dan Penyelidikan Tanah). Sebagaimana tergambar pada namanya, laboratorium ini menyelidiki pertanian pribumi terutama beras, tanaman sekunder, dan penyelidikan tanah. Gedung itulah yang saat ini menjadi bagian gedung Museum Tanah dan Pertanian dan menjadi gedung cagar budaya.